يُستخدم سونار الأمعاء لتقييم حالة المعدة والقولون وتشخيص العديد من اضطرابات الجهاز الهضمي مثل الانتفاخ وعسر الهضم وآلام البطن، حيث يساعد في متابعة حالات القولون والكشف عن أسباب الأعراض بطريقة آمنة وسريعة، ويُنصح به عند وجود آلام متكررة بالبطن أو مشاكل في الهضم أو عند متابعة حالة مزمنة بالجهاز الهضمي.